수입신고 수리 후 관세감면 신청제도가 보완돼 현행 수입신고 수리 전까지 관세감면을 신청해야 감면이 가능했지만, 개정안에는 수입신고 수리 후 5일내 감면신청을 하면 관세감면을 허용하기로 했다.

이 경우 해당 수입물품이 보세구역에서 반출되지 않는 경우에 한하며, 감면대상 물품의 검사·확인을 위해 해당 물품이 세관 통제하에 있어야 한다.

납세자의 신청에 따라 특수관계자간 거래되는 수입물품의 과세가격 결정방법을 사전에 승인받는 제도인 과세가격 사전심사 과련 가산세가 면제된다.

현행, 과세가격 사전심사 신청시 심사과정에서 종전의 과소신고가 드러나는 경우 과소신고분에 대한 가산세를 부과함으로써 납세자들이 가산세 부담으로 사전심사 신청을 꺼리는 상황을 불러왔다.

이에 개정안에는 사전심사 신청 이전의 과소신고에 대하여 가산세(부족세액의 10%)를 면제하도록 했다.

국내판매가격에서 이윤·일반경비를 차감해 과세가격을 산정하는 방식인 ‘관세평가 제 4방법상’ 이윤 및 일반경비의 비율을 개선, 오는 7월부터 기준비율을 폐지하고, 동종·동류물품의 이윤·일반경비 비율의 평균값이 적용된다.

‘고액’ 과세전적부심사는 관세청장에 직접 청구할 수 있도록 허용된다. 현행 세관의 과세전통지에 대한 과세전적부심사는 원칙적으로 세관장에게 청구하고  예외적으로 관세청장의 새로운 해석이 필요한 경우 등에 한하여 관세청장에게 직접 청구가 가능하다.

이에 개정안에는 과세전적부심사 청구 금액이 5억원이상인 경우에 대해서도 관세청장에게 직접 청구를 허용했다.

관세법 관련 질의회신의 경우 내국세와 동일하게 관세법령 해석에 대한 질의회신 절차?방법 등을 신설하여 납세자 권리 보호가 강화된다.

이 경우 1차적으로 관세청에 질의 → 민원인이 관세청 회신에 불복하거나 관세청이 기획재정부 판단을 필요로 하는 경우 기획재정부장관에게 재질의하는 순서다.

소송판결 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우 부과제척기간 경과 후에도 경정청구가 허용됨에 따라, 일정한 후발적 사유가 있는 경우 납세신고 후 2년이 경과했더라도 해당 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월내 경정청구가 가능하다.

정기 관세조사가 면제되는 소규모 성실사업자의 범위 신설, 일정 요건을 갖춘 성실사업자로서 최근 2년간 수출입신고 실적이 30억원 이하인 사업자는 정기 관세조사가 면제된다.

개정안에는 또 거래가격 조정에 따른 경청청구시 국세청의 거래가격 조정내역 등 제출서류와 국세의 거래가격 조정사항 중 관세법상 경정이 가능하도록 했으며, 원산지사전확인 결과에 이의가 있는 경우 30일 내에 이의제기할 수 있는 절차를 마련했다.